Proposta metodológica para o Ensino de ferramentas computacionais aplicadas ao planejamento de fármacos

Resumo

As competências do profissional farmacêutico que envolvem a pesquisa de novos medicamentos têm tomado lugar de destaque. Uma técnica amplamente empregada para reduzir custos e potencializar a chance de sucesso nesse processo consiste na modelagem molecular computacional (in sílico). Dada a importância dessas ferramentas na formação do farmacêutico, o presente trabalho objetivou relatar a aplicação de uma metodologia didática de aulas práticas que ilustram sua aplicação no contexto de um componente curricular do curso de Farmácia. Em sala, equipes de 3 a 4 alunos foram formadas e foi solicitado a cada equipe a seleção de um alvo farmacológico. As coordenadas atômicas do alvo em complexo com um inibidor foram obtidas pelos discentes a partir do Protein Data Bank, que procederam com a submissão do complexo cristalográfico ao servidor PDB2PQR para adição de átomos de hidrogênio à estrutura do alvo. As coordenadas do inibidor co-cristalizado foram utilizadas para a delimitação do espaço para um acoplamento molecular, executado pelo programa on-line Dockthor. A avaliação da performance do Dockthor foi realizada através do redocking (re-acoplamento) e investigação da sua capacidade em discriminar ligantes ativos de não ativos. Por fim, os estudantes propuseram novas moléculas candidatas a fármacos e avaliaram sua afinidade frente ao alvo, através do protocolo discutido, comparando os resultados com o ligante cristalizado ao alvo. Concluiu-se que a metodologia se mostrou útil para ilustrar a aplicação de ferramentas in silico no ensino de competências referentes a Pesquisa e Desenvolvimento de Fármacos para o Curso de Farmácia.